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  • Committer: Suren A. Chilingaryan
  • Date: 2018-09-19 03:32:56 UTC
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Benchmarks and figures for slides

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Lines of Context:
analysis/sino/phantom.py
14
14
(data,ext) = os.path.splitext(os.path.basename(sys.argv[0]))
15
15
 
16
16
 
17
 
size = 1024
 
17
if (data == "phantom2176"):
 
18
    size = 2176
 
19
    interval = [850, 1275]
 
20
else:
 
21
    size = 1024
 
22
    #interval = [0, 1024]
 
23
    interval = [400, 600]
 
24
 
18
25
average_window = 11
 
26
 
19
27
if (data == "fossil"):
20
28
    line_number = 470
 
29
elif (data == "phantom2176"):
 
30
    line_number = 1041
21
31
else:
22
32
    line_number = 490
23
33
 
24
 
#interval = [0, 1024]
25
 
interval = [400, 600]
 
34
 
 
35
colors=['black', 'green', 'darkblue', 'red', '#fdd5a5', '#d3ffd5', 'lightyellow']
 
36
 
26
37
 
27
38
 
28
39
 
30
41
phantom = imread("orig/" + data + ".tif").reshape((size,size))
31
42
#print phantom.shape
32
43
line=phantom[:,line_number:(line_number + 1)].flatten()
 
44
np.set_printoptions(threshold=sys.maxint)
33
45
#print line.shape
34
46
 
35
47
fig, (p1, p2) = plt.subplots(2, 1, sharex=True)
40
52
 
41
53
 
42
54
pix = np.arange(interval[0], interval[1], 1)
43
 
l, = p1.plot(pix, line[interval[0]:interval[1]], linewidth=0.1, label=data)
 
55
l, = p1.plot(pix, line[interval[0]:interval[1]], linewidth=0.5, label=data, color=colors[0])
44
56
 
45
57
if 'p2' in locals():
46
58
    p2.set_xlabel("Pixel")
62
74
goldline = None
63
75
golddiff = None
64
76
 
 
77
color_pos = 0
65
78
for fname in sorted(os.listdir(data)):
66
79
    path = data + "/" + fname
67
80
    if fname.endswith(".tif"):
98
111
#    title = '{:} (MSE: {:.2e})'.format(title, mse)
99
112
 
100
113
 
101
 
    l1, = p1.plot(pix, imgline[interval[0]:interval[1]], linewidth=0.1, label=title)
 
114
    color_pos = color_pos + 1
 
115
 
 
116
    l1, = p1.plot(pix, imgline[interval[0]:interval[1]], linewidth=0.5, label=title, color = colors[color_pos])
102
117
 
103
118
    if 'p2' in locals():
104
 
        l2, = p2.plot(pix, abs(linediff[interval[0]:interval[1]]), linewidth=0.1, label=title)
 
119
        l2, = p2.plot(pix, abs(linediff[interval[0]:interval[1]]), linewidth=0.5, label=title, color = colors[color_pos])
105
120
 
106
121
    if 'p3' in locals():
107
122
        if golddiff is not None:
108
 
            l2, = p3.plot(pix, abs(golddiff[interval[0]:interval[1]]), linewidth=0.1, label=title)
 
123
            l2, = p3.plot(pix, abs(golddiff[interval[0]:interval[1]]), linewidth=0.5, label=title, color = colors[color_pos])
109
124
        elif goldline is not None:
110
 
            l2, = p3.plot([],[], linewidth=0.1, label=title)
 
125
            l2, = p3.plot([],[], linewidth=0.5, label=title)
111
126
        
112
127
 
113
128
    lines.append(l1)
116
131
 
117
132
 
118
133
fig.legend(lines, titles, loc='upper center', ncol=4)
 
134
#fig.legend(lines, titles, loc='upper right', bbox_to_anchor=(1.1, 0.89), ncol=1)
119
135
 
120
136
#print tuple(lines)
121
137
#fig.legend(tuple(lines), tuple(titles), 'lower center')